Obec leží v údolí Bolíkovského potoka. Na katastru vsi stávaly dva mlýny a socha svatého Jana Nepomuckého u rybníka.
Markvarec leží v Javořické vrchovině v nadmořské výšce 524 metrů, v údolí Bolíkovského potoka, jehož horní tok se nazývá Lipnice. Voda odjakživa určovala podobu obce: na katastru vsi stávaly dva mlýny a vrchnostenský dvůr.
Rybník pod návsí patří k nejfotografovanějším místům v Markvarci. V parčíku u vody stojí socha svatého Jana Nepomuckého z roku 1720 se znaky Jindřicha Karla z Osteinu a Marie Anny Johanny von Berlepsch. U mlýna se dochovala také výklenková kaplička.
Šprinclův mlýn – Nachází se jako samota asi půl kilometru severně (po proudu) pod obcí na Lipnickém potoku (čp. 44). Písemně je doložen již roku 1480. Součástí tohoto areálu bývala vedle mlýna také pila a olejna. K obci dodnes patří samota Šprinclův mlýn, která leží asi ve čtvrtině cesty do Českého Rudolce. Lze v ní pronajmout krátkodobé ubytování ( Booking.com )
Markvarecký (Zlatuškův) mlýn – Stál přímo v obci Markvarec pod hrází Mlýnského rybníka (čp. 32). Původně byl panský, v roce 1781 jej koupil mlynář Špryncl a později jej provozovala rodina Králíků a Zlatušků. Dnes slouží k obytným účelům.